Bütün muayenelerde olduğu gibi jinekolojik muayene de gözlemle başlar. Bu aşamada dış üreme organlarında göze çarpan herhangi bir kitle, renk değişikliği, erozyon ve bunun gibi anormallikler var mı, not edilir.
Daha sonra vajina içinin izlenmesine olanak veren spekulum muayenesine geçilir.Bu alet ile vajen duvarları bir birinden ayrılabilir. Ilık ve kayganlaştırılmış spekulum vajen içersine doğru ilerletilir ve bu sırada vajen duvarları, vajinal akıntı, akıntı varsa bunun özellikleri izlenir.
Sonrasında spekulum vajina tepesindeki rahim ağzına ulaşır. Rahim ağzı (serviks) değerlendirilir. Servikal ektropion, erozyon, servikal akıntı, rahim ağzı kanseri bu muayene ile tespit edilir.
Bu aşamada rahim ağzı bölgesinden smear denilen bir test için örnek alınır. Bu işlemlerin hiçbir aşamasında ağrı hissedilmez.
Vajinanın genişliği, esnekliği, vajinaya doğru idrar torbası (sistosel) veya barsaklardan (sistosel) olan bir fıtıklaşma var mı, değerlendirilir. Bu fıtıklaşma ve rahim sarkması olayı bir de ıkınma anında gözlenir.
Spekulum muayenesi bitirildikten sonra çıkartılır ve elle yapılan muayeneye geçilir. Bu muayene sırasında doktor bir eli ile vajina içerisinden rahim ve yumurtalıkları muayene ederken diğer eli ile de karından bu muayeneye yardımcı olur.
Bu muayene sırasında rahim boyutları, pozisyonu, rahimden kaynaklanan herhangi bir tümoral oluşum var mı değerlendirilir. Daha sonra tüpler ve yumurtalıklar her iki yan tarafta muayene edilir. Yumurtalıkların boyutu nedir, tümör var mı, muayene sırasında ağrı var mı, bütün bunlar muayene sırasında değerlendirilir.